自来水笔应每隔两至三个月一次定时用温水清洗。 自来水笔若长期不用放置前应清洗，否则积垢及尘埃会影响供墨系统，以致漏墨水或出墨不畅。 更换不同颜色的墨水时应彻底清洗自来水笔。 请不要将笔与金属及尖锐的物品放在一起。 写字时，应在纸下垫一些稿纸，以增强笔尖的弹性，减少摩擦。 用完之后，一定要将笔套盖紧，既防笔尖碰坏又防墨水蒸发凝结，造成笔的水道堵塞或不畅。
一般清洗的时候可反复吸水排水直至排出的水干净，擦干即可。 如果间隔较长时间清洗或者打算将钢笔洗净封存，则需将各部分拆开分别清洗。 初步拆开后分为五个部分：笔尖、转换器（上墨器/墨囊）、握笔、笔套、笔杆。后两者一般是不必清洗的，而笔尖的金属部分和笔舌（上墨结构）还应进一步拆开，笔尖金属片用水冲洗干净，而整个上墨结构可用旧牙刷小心刷洗，然后放入温水中浸泡一个晚上。 所有零件清洗后擦干，等完全干燥即可装好封存。当然不同钢笔结构不同，并非所有钢笔都可拆开，对于难以拆开的钢笔，只能采用一般方法清洗，切勿强行拆卸损坏钢笔。
